Mentre le gallerie di linea vengono scavate quasi interamente in sotterraneo con le tre “talpe meccaniche” (TBM), la realizzazione delle stazioni e dei pozzi di ventilazione ha richiesto inevitabilmente l'apertura di cantieri nell'ambito di spazi pubblici. Questi cantieri sono realizzati prevalentemente nelle aree centrali di piazze e giardini e nelle aree di sosta. Inoltre la circolazione veicolare sulle vie principali non ha subito alcuna limitazione definitiva, bensì solo restringimenti di carreggiata e modifiche degli schemi di circolazione, anche con percorsi differenziati per il traffico pubblico e privato. Roma Metropolitane ha informato i cittadini e, attraverso i Municipi, ha organizzato incontri prima dell’apertura dei cantieri. Altri incontri pubblici hanno accompagnato i lavori con regolarità e all’approssimarsi di modifiche sostanziali della viabilità. I cittadini, quindi, oltre ad essere costantemente informati, hanno potuto controllare il regolare avanzamento dei lavori.

I cantieri principali sono stati aperti nelle zone delle stazioni da realizzare:

• per la stazione S. Agnese/Annibaliano: all'interno del parcheggio di piazza Annibaliano, e, dopo la prima fase, il cantiere si è esteso fino a inglobare la rotatoria ma confermando tutte le direzioni di marcia;

• per la stazione Libia: a piazza Palombara Sabina e viale Libia, per fasi successive;

• per la stazione Conca d’Oro: all'interno dell’omonima piazza.

• per la stazione Jonio: nell'area libera tra viale Jonio, via Scarpanto e via del Gran Paradiso.

Inoltre, in un’area del "pratone" delle Valli, è stato attrezzato il cantiere logistico.

Per il pozzo impianti di viale XXI Aprile (ex Stazione Nomentana inizialmente prevista dal progetto) sono stati aperti cantieri a viale XXI Aprile, largo Domenico Gnoli, largo De Ruggiero, via Lanciani, piazza Marucchi e via Barracco.

Altri cantieri sono stati aperti, infine, nell'area di piazza Bologna per il pozzo di estrazione TBM della tratta Bologna-Conca d'Oro e per i lavori di arrivo presso la stazione della Linea B esistente, all'incrocio tra via delle Isole Curzolane e via di valle Melaina per il pozzo di estrazione TBM della tratta Conca d'Oro-Jonio, e, per i pozzi di intertratta e di servizio, a piazza S. Emerenziana, nell'area antistante la fermata Nomentana delle F.S. (parcheggio Atac), a viale Tirreno e a piazza Capri.