Prima di scavare per realizzare le stazioni si lavora nel sottosuolo per spostare tutte le reti di servizio (acqua, luce, gas, telefono, ecc.) cambiandone i percorsi in modo che non interferiscano con i lavori per la metropolitana. Una volta delimitata l’area di scavo e deviato il traffico,la costruzione di una stazione comincia con la realizzazione dei diaframmi, che costituiranno le pareti esterne di una grande scatola di cemento armato: in questo modo si contiene il terreno circostante allo scavo e si impediscono i cedimenti.

Ogni elemento che si realizza ha la forma di un parallelepipedo a base rettangolare, disposto verticalmente all'interno del terreno. Per costruirlo delle macchine chiamate idrofrese (oppure macchine più tradizionali nei cantieri a maggiore distanza dagli edifici) scavano in verticale e sostituiscono la terra con un liquido speciale, il fango bentonitico; terminato lo scavo si inseriscono le gabbie di armatura in acciaio e si riempie lo scavo stesso con calcestruzzo che, a partire dal fondo, risale facendo fuoriuscire il fango bentonitico. Una volta completato il getto, il calcestruzzo viene lasciato maturare fino al raggiungimento della prevista resistenza.

Mentre si sta completando la cintura perimetrale costruendo i diaframmi l’uno accanto all’altro, si provvede a consolidare e stabilizzare il terreno al di sotto del fondo della futura stazione con la tecnologia del jet grouting: sonde introdotte nel sottosuolo iniettano ad altissima pressione una miscela di acqua e cemento, che, mescolandosi con il terreno, lo consolida. Questo tampone di fondo impedirà la risalita di acqua dal sottosuolo durante i lavori di scavo della stazione.

A questo punto viene costruito con il cemento armato il solettone di copertura della stazione, appoggiandolo sulle paratie già realizzate. Nella costruzione della copertura si lasciano delle aperture, attraverso le quali si introducono le attrezzature e il personale necessari a realizzare lo scavo. Attraverso le stesse aperture si porta via il materiale di risulta degli scavi. Lo scavo sotto copertura, all’interno di una scatola già formata quasi completamente,  garantisce la massima stabilità delle opere in corso di realizzazione e riduce notevolmente i problemi legati a polveri e rumori.

Man mano che si scende con lo scavo vengono realizzati i solai orizzontali intermedi della futura stazione, che puntellano la scatola impedendo che la pressione del terreno e dell’acqua di falda deformi la struttura. L’ultimo livello ad essere realizzato è il solettone di fondo, sopra il quale correranno i binari.
Nel caso della stazione Conca d’Oro, invece di realizzare i solai definitivi, sono state montate inizialmente delle poderose travi metalliche (puntoni) a contrasto delle paratie. Tale particolarità ha permesso di raggiungere più rapidamente la quota di fondo dello scavo, e quindi di montare prima possibile le TBM, che hanno scavato le gallerie a partire dal pozzo di piazza Conca d’Oro verso piazza Bologna. La TBM che ha scavato la galleria da Conca d'Oro a Jonio (di diametro maggiore, tale da poter ospitare due binari) è stata montata all'interno del pozzo di Conca d'Oro, ma in seguito è stata alimentata da un pozzo di servizio a viale Tirreno per consentire il completamento della stazione Conca d'Oro.

La TBM (Tunnel Boring Machine), detta anche talpa meccanica, è una tecnologia all’avanguardia già sperimentata nelle più grandi città del mondo. Scavando nel sottosuolo la talpa non interferisce con il piano stradale, non provoca rischi per la stabilità degli edifici e assicura la salvaguardia del patrimonio archeologico. Lo scavo delle due gallerie della linea B1 viene realizzato ad alcune decine di metri di profondità.
Una volta completato il montaggio della macchina all’interno del pozzo di introduzione, la sua testa frontale comincia a scavare il tunnel, protetta da uno scudo cilindrico che sostiene le pareti. Il terreno disgregato dalla fresa viene miscelato con delle schiume o miscele fluide e tenuto in pressione per garantire la stabilità del fronte di scavo. Una volta miscelato, il terreno viene canalizzato verso il retro della talpa meccanica, per essere portato via tramite vagoncini ferroviari.
Mentre la talpa avanza scavando, un braccio meccanico applica dei conci prefabbricati di cemento armato sulle pareti della galleria. Ogni concio è collegato all’altro da speciali tasselli e la struttura che si ottiene, anello per anello, costituisce il rivestimento della galleria, definitivo e a tenuta sicura.
Quando la talpa arriva nella stazione, la struttura di quest’ultima deve essere giunta ad un grado di completamento tale da permettere il passaggio della TBM. La talpa riprende il suo avanzamento dall’altra parte della stazione verso la stazione successiva. In termini generali questo è il nodo principale della realizzazione della metropolitana: realizzare le stazioni in tempo perché le TBM non si debbano mai fermare!
A piazza Bologna è stato realizzato un pozzo per eseguire lo smontaggio e l'estrazione delle prime due TBM senza tornare indietro fino a piazza Conca d’Oro, così da consentire il più rapido avvio dei lavori di finitura delle gallerie, la posa delle rotaie e l’installazione delle linee elettriche. L'estrazione della terza TBM, quella che ha scavato la galleria unica della tratta Conca d'Oro-Jonio e del tronchino di manovra oltre Jonio, è avvenuta invece da un pozzo di fine tratta in corrispondenza dell'incrocio tra via delle Isole Curzolane e via di valle Melaina, che sarà poi destinato a impianti di ventilazione e accessi di emergenza.

Una volta terminato lo scavo delle gallerie comincia, nelle stazioni, la realizzazione degli impianti, degli ascensori, delle scale mobili, delle pavimentazioni e in generale di tutte le finiture. Quindi si costruiscono gli accessi con scale fisse e mobili che consentiranno agli utenti l’utilizzo della metropolitana. La progettazione ha curato in modo particolare la qualità architettonica nella realizzazione di ambienti sotterranei spaziosi e totalmente accessibili ai diversamente abili.