Nel mese di ottobre 2005 il Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti ha approvato il progetto di variante delle modalità esecutive delle stazioni Libia e S.Agnese/Annibaliano avanzato da Roma Metropolitane su precedente proposta dell’Appaltatore. La variante al progetto posto a base di gara ha portato a un risparmio di circa 6 milioni di Euro a favore del Comune di Roma ed ha consentito, tra l’altro, di ridurre l’impatto dei cantieri sulla viabilità di tali aree.

Successivamente, lo svolgimento dei lavori è stato condizionato da altri fattori sopravvenuti, imprevisti e imprevedibili (svolgimento di indagini archeologiche supplementari, trasporto e conferimento delle terre di scavo a discarica autorizzata, metodi di consolidamento), che hanno reso necessario definire una ulteriore modifica progettuale e contrattuale.

Nel frattempo, secondo le previsioni progettuali, sono stati effettuati approfonditi controlli prima dei lavori di consolidamento dei terreni destinati ad accogliere la stazione Nomentana. Da tali controlli è emerso che l’opera sarebbe stata tecnicamente realizzabile solo con tempi e costi maggiori di quelli contrattualmente previsti, soprattutto a causa dell’implementazione delle lavorazioni relative ai consolidamenti. D’altra parte è stata valutata la fattibilità della stazione con modalità alternative di costruzione ed è risultato che la tipologia realizzativa originariamente definita per la stazione Nomentana era l’unica tecnicamente consona allo stato dei luoghi. Nel dicembre 2006 Roma Metropolitane ha pertanto avanzato al Comune di Roma una articolata proposta di modifica e, allo stesso tempo, integrazione del progetto della Linea B1, prevedendo in primo luogo di eliminare la prevista stazione Nomentana e, allo stesso tempo, di anticipare il prolungamento già ipotizzato della Linea oltre Conca d’Oro, così da aggiungere all’opera in corso di realizzazione un nuovo tratto di 850 metri circa e una nuova stazione a viale Jonio. Tale soluzione, se da una parte soddisfaceva gli obiettivi di efficienza, tempestività ed efficacia indicati dall’Amministrazione comunale, consentendo di completare la linea nei tempi previsti, dall’altra parte ampliava il bacino d’utenza della metropolitana di oltre 40.000 residenti; inoltre pone le condizioni per la realizzazione di un nodo di scambio tra la Linea B1 e la futura Linea D a Jonio.

Con l’Ordinanza n. 20 del 28 marzo 2007 il Sindaco di Roma, in qualità di Commissario straordinario per l’emergenza Traffico e Mobilità, ha disposto la realizzazione della nuova tratta da Conca d’Oro a Jonio e definito un piano di opere integrative e complementari alla Linea B1, volte a creare le condizioni di piena funzionalità della linea stessa. Le risorse finanziarie risparmiate a seguito della modifica approvata sono destinate al prolungamento della linea e alle realizzazione di parcheggi pubblici in struttura a piazza Annibaliano, piazza Conca d'Oro e viale Jonio in corrispondenza delle stazioni e di un ponte ciclo-pedonale sul fiume Aniene, al fine di connettere il nodo di scambio, la stazione Conca d'Oro e il parco delle Valli con il quartiere Nomentano.

La realizzazione di un parcheggio su viale XXI Aprile inizialmente ipotizzata si è rivelata non economicamente conveniente, in considerazione delle interferenze con le reti dei sottoservizi e delle fogne esistenti. Con riferimento alla soppressione della stazione Nomentana, Roma Metropolitane aveva proposto di sostituire la stazione con un collegamento sotterraneo attrezzato con tapis roulant e tale da permettere agli utenti di raggiungere, dai medesimi accessi della stazione eliminata, la Stazione S.Agnese/Annibaliano. Per migliorare la vivibilità del percorso sotterraneo si prevedeva che sotto piazza di S. Costanza venisse realizzato un nodo dotato di alcuni servizi commerciali. Tali proposte sono state accantonate a seguito dei pareri dei Municipi competenti, che non le hanno condivise anche  in vista dell’impatto dei relativi cantieri.

L’Ordinanza n. 20 del 28 marzo 2007 del Sindaco Commissario ha affidato a Roma Metropolitane Srl la funzione di stazione appaltante e tutti i compiti connessi al processo progettuale e realizzativo della tratta Conca d’Oro - Jonio e delle relative opere integrative e/o complementari sopra indicate. Dopo la conclusione dell'iter di approvazione e deliberazione degli interventi, Roma Metropolitane ha stipulato con l'appaltatore della tratta già in fase attuativa un nuovo contratto, sempre in regime di appalto integrato, per la realizzazione della tratta Conca d'Oro-Jonio e delle altre opere connesse previste dalla citata Ordinanza commissariale n. 20 del 28 marzo 2007. In particolare, per quanto riguarda i nuovi parcheggi previsti, sono oggetto del contratto le strutture al rustico, mentre il completamento dei parcheggi (finiture e istallazione delle dotazioni impiantistiche) sarà oggetto di un ulteriore appalto; fa eccezione il parcheggio della stazione Jonio, essendo quest'ultimo progettato nell'ambito di un unico sistema integrato di stazione metropolitane e servizi.